BioHackersNetOne of the ProgrammingParadigm
객체지향(ObjectOriented)프로그래밍(OOP). ProcedualProgramming은 프로그램이 점점 복잡해지면서, 그 한계를 드러내기 시작했다. OOP의 시작은 세포를 모델링하면서 부터라고 한다. 생명현상의 관찰이 이 세상을 좀 더 적절하게 프로그램에 구현할 수 있게끔 했다는것이다. 이는 다시 역으로, 생물정보학으로 생명현상 모델링을 하고싶으면, OOP를 제대로 이해해야한다는 의미도 될 수 있을 것이다.
프로그램설계과정에서도 이 개념은 적용된다. UML로 ObjectOrientedDesign한다.
중심개념
- Abstraction
- Encapsulation
- Inheritance
- Polymorphism
- Message sending
- Association
- Aggregation
Class사이의 관계
- Association
- Multiplicity
- Qualified Association
- Reflexive Association
- Generalization
- Dependency
OOP 원칙들
Discussion
Bioinformatics관련 ComputerProgramming하면서 OOP개념을 응용하면 느낌이 새롭다. OOP가 세포를 본땄다는 그 말그대로, 세포속을 OOP로 시뮬레이션한다. HackersHeroesOfTheComputerRevolution에 등장하는 해커들이야 OOP를 몰랐지만, BioSequence를 해킹해야하는 우리에겐 Life의 비밀을 풀 수 있는 열쇠가 그 안에 있다고 믿는다.
얼마전 대량EST서열을 PeptideMassFingerprint용 Database로 전환하는 Python스크립트를 작성한 적이 있다. 내 생각에 이 스크립트는 최대한 OOP적으로 작성되었고, 훌륭히 동작하며, 개념적이해/유지보수가 무지 좋다. EstRetriever라는 객체가 Database접속을 통해 4000여개의 EST서열을 추출하고, 각각 Est 객체를 만든다. 각 Est객체는 translate라는 메소드로 Protein객체를 리턴하고, 각 Protein은 cutTrypticFragment 메쏘드를 통해 절단된 새로운 Protein객체를 리턴한다. Protein객체의 repr 메소드는 FastaFormat으로 해당 서열을 출력한다. 흐~~~
여기서 하나 좀 고민해야 할 문제는 있다. Protein객체의 cutTrypticFragment메쏘드는 과연 새로운 단백질객체를 리턴해야 하는가, 아님 자신의 서열을 고쳐야하는가... 이건 최대한 real world를 묘사해야 할것이다. rulebend씨와의 짧은 대화로 내린결론은 트립신처리는 자신이 직접하는게 아니라, 외부해서 해주는 것이므로, [Protein]클래스에 구현될 필요가 없다는것... 대안으로 getCutTrypticFragment라는 메소드로 단백질객체를 리턴하는것은 타당해보임. 따라서... 메소드이름을 바꾸기로... 하여간 생물문제를 OOP로 푸는건 신나는일임에 틀림이 없다.
--yong27, 2002-11-9
See also AspectOrientedProgramming, ValueOrientedProgramming
참고사이트.