PMF. 펩타이드 질량 청사진으로 MinimalProteinIdentifier의 한가지가 될수 있다.

질량분석기술(MassSpectrometry)의 발달로 인해서, 그 분석대상 물질이 고분자인 Protein에 까지 가능하게 되었다. 이 질량분석기술을 이용한 단백질 동정방법중의 하나이다.

Protein을 특정 제한효소처리하게 되면 조각조각으로 잘려지게 되는데, 이때 잘려지는 부위는 단백질이 가지고 있는 특정 서열에 의존한다. 따라서 단백질의 서열을 알고 있으면, 이론적으로 단백질 조각조각의 분자량을 예측 할 수 있다. 알려진 모든 단백질들의 서열에 대해 가상의 조각조각 분자량을 구한 뒤, 질량분석기술을 통해, 실제의 조각조각의 분자량과 비교한다. 여기서 알아낸 조각조각의 실제 분자량들을 PeptideMassFingerprint이라고 부르며, 단백질에 따라 이 정보가 매우 다르기 때문에, 단백질마다 unique한 정보가 되며, Proteomics에서 ProteinIdentification방법으로 널리 이용된다. 주로 MALDI-TOF장비를 사용한다.

이 Algorithm을 SpectralAlignment라고 한다.

관련 프로그램들

• Public

  • MOWSE

  • ProteinProspector (MS-Fit)

  • PeptIdent

  • ProFound

  • Mascot

• Commercial

  • BioWorks

• 종합검색

  • PeptIGate

각종 자료

• 각 프로그램들의 성능비교는 다음 논문 참고 : AccessPerformanceProteinIdentificationAlgorithm

• PMF시 각 펩타이드 조각들의 길이 분포 : PmfSimulation

• GenomeBasedPeptideFingerprintScanning

시약에 의한 Cys,Met 변형