Protemics

Introduction

Proteome이라는 용어는 한 개체의 Gene 전체를 Genome이라 하듯이 개체의 전체 Proteins라는 의미로 사용된다. 실제 이러한 용어는 Gene-Genome, RNA-Transcriptome, Protein-Proteome, Metabolite-Metaboliome 의 과정으로 쓰여지며, 개체의 해당성분전체임을 의미한다. 이 학문을 Proteomics라고 하며, Genomics와 구분된다.

실제로 유전자발현의 최종산물인 Protein은 그 복잡성과 다양성으로 인하여 실제적으로 전체의 단백질, Proteome을 관찰하고 연구한다는 것은 매우 어려운 일로 생각되어져 왔으나, 최근의 TwoDiPage 실험방법의 발달 및 MassSpectrometry의 발달로 인하여 그 가능성이 엿보이면서 많은 분야에서 도전분야가 되고 있다.

HumanGenomeProject의 성공적인 결과는 바로 Proteome의 이해의 필요성을 낳았고, 이에 전세계적으로도 방대한 Proteome의 세계로 생물학 연구 화두가 옮겨지고 있다. See BridgingGenomicsAndProteomics

FunctionalGenomics와도 유사한 의미로 쓰인다. mRNA를 다룬다는 것이 차이이며, mRNA의 발현량이 Cell specific하다는것은 Proteomics와 같다.

Proteomics aims to

• Separate, identify and characterize proteins on a large scale(HighThroughPut, fully automatic)

• Define levels of Proteins in Cells / tissues and how these change

• Investigate Protein complexes

• Elucidate Protein functions, pathways, and interrelationships, modifications

• SystemsBiology approach

연구방법들 및 세분화

• TwoDiPage, ICAT

• MassSpectrometry

• Proteins ExpressionProfile 관찰

• ProteinProteinInteraction

• PostTranslationalModification

• 궁극적으로 ProteinChip의 방향으로 나아가고 있다.

Major issues in Proteomics

• How can you separate and visualize the Proteins in a Proteome?

• How can this be used to study Protein complexes and BiologicalPathway?

• How can you quickly identify separated Proteins?

• How can you characterize Proteins in detail?

Bioinformatics in Proteomics

• ImageProcessing of TwoDiPage gel image

• ProteinIdentification (using MinimalProteinIdentifier)

  • pI/MW, AminoAcid composition

  • PeptideMassFingerprint

  • PeptideFragmentation

  • AccurateMassTag

  • Search against reference BiologicalDatabase

• DeNovoPeptideSequencing in PostSourceDecay

• Analysis of ExpressionProfile

• ProteinNetwork

Etc.

최근 CeleraGenomics에서는 연구방향의 많은 부분이 실제 Proteomics로 전환중에 있고, Target organism선정한것중에 이채로운 것이 나방류의 Proteomics이다. 이들이 말하길, One genome, a lot of proteome 이다. 하나의 genome으로 부터 발현되는 proteome은 초기 애벌레일때와, 나중 나방일때와 전혀 다를것이기에 이와같이 표현한것이고, 이 연구성과는 실제 하나의 genome이 어떻게 proteome의 발현양상을 조절할 것인가에 대한 궁금중을 해결할 것이다.

이런 패턴은 나방류뿐만이 아니다. 인간역시, 기관별, 조직별로 그 proteome이 매우 다르다. 따라서 어떤부분은 간으로서의 역할을 하기도 하고 어떤 부분은 뇌의 역할을 하기도 한다. 그러나 그 패턴의 현저한 변화는 나방류에 미치지 못할것임을 예측할 수 있다.

관련도서

• ProteomicsFromProteinSequenceToFunction

• ProteomeResearchNewFrontiersInFunctionalGenomics

• ProteomeResearchMassSpectrometry

• ProteomeResearchTwoDiPageAndProteinIdentification

관련정보

관련기관

• ExPASy

• HUPO / KHUPO

그외

• TrendsInProteomics

• WorksBase

• Pyteomics

SeeAlso SubsetsOfBioinformatics

The Journal of Proteomics

http://www.interscience.wiley.com/jpages/1615-9853/

Proteomics 저널

CategoryJournalBioInfo