최근의 생물정보학방법들에 의해서 많은 데이터들이 전세계 인터넷을 통해서 제공되고 있다. 그러나, 이들 데이터들은 모두, 개개의 성격에 맞도록 특성화되어 있다.

GenBank의 서열정보를 가지고, 바로 병세정보 및 ProteinStructure정보들을 바로 얻어낼 수 없는 상황이다. 생명현상은 이들 개개의 모든 정보들의 종합임을 되새겨보면, 이들 데이터들을 효과적으로 서로 통합시키고, 연결시키는 과정이 얼마자 중요한가를 알 수 있을 것이다. 따라서 이 분야, BioDatabaseIntegration 역시 생물정보학의 큰 도전으로 여겨지고 있다.

Important BiologicalDatabase for Bioinformatics

• [Genome]

  • [Ensembl], [AceDb]

  • [GDB], NcbiGenome, [Ensembl], FlyBase, [MGD], [SGD], [MITOMAP]

  • [GOLD]

  • RepetitiveSequence : RepBase

  • TranscriptionFactor : TransFac

  • [PEDANT]

• NucleicAcid

  • 기본정보 : [Entrez], GenBank, [EMBL], [DDBJ], NcbiGenome

  • [EST] : [dbEST], UniGene, TigrGeneIndices, StackDb, [H-InvDB]

  • [Gene] : GeneCards

  • [Promoter] : [EPD]
  • [STS] : [dbSTS], [RHdb]

  • Vector : UniVec

  • Polymorphic region : [dbSNP]
• [Protein]

  • 기본정보 : SwissProt, InterPro, GenPept, TrEmbl, TrEst, TrGen, [PIR], UniProt

  • ProteinFamily : [PROSITE], [Blocks], [Pfam], ProDom, [PRINTS], [COG], [CDD]

  • ProteinStructure : [PDB], [SCOP], [CATH], [FSSP]

  • ProteinProteinInteraction : [DIP], [MIPS], [http://portal.curagen.com/pathcalling_portal/index.htm PathCalling], ProNet

• BiologicalPathway

  • [KEGG]

  • EcoCyc

  • MolecularInteraction : [BIND]

  • BioCarta

  • [STKE]

• GeneticDisease

  • [OMIM]
  • [HemoPDB]
• Biochemical
  • [REBASE], [LIGAND], [BRENDA]
• 실험정보

  • TwoDiPage : Swiss2dPage

  • MicroArray : ArrayExpress, StanfordMicroArrayDatabase, [GEO]

  • [QTL] : PigQtlDb

• 문헌정보

  • [GO] : QuickGo, AmiGo

  • Papers : PubMed

  • diseases : [OMIM]

Useful Information about Biological Database

• MolecularBiologyDatabaseCollection

• [http://www.bioinformatics.pe.kr/link/database.html Databases] : In BioinformaticsInformation

• [http://bioinfo.sarang.net/data/varexp/virexp.html 생물DB를 이용하는 가상실험]

Scripts for acessing Biological Database

• [PsiBlastQuery.rb] - psi-blast를 biopython을 이용하지 않고 IE Automation을 이용한 무식한 방법 ([Ruby]이용)

Tools for bioinformatics

• [http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/valdar/scorecons_server.pl The Scorecons Server] : MSA sequence 정보를 이용해서 각 AminoAcid의 conservation score를 구해준다.

이곳 BioinfoWiki에서는 InterWikiForBioinfo를 통해서, 각각 유용한 [Database]에 바로 접근할 수 있다.

SubsetsOfBioinformatics CategoryDatabase