2004-04-07

[NQ]라는 것이 있더만.

[VTK]에 대해 공부해보고싶다. 가시화가 내 장점이 될 수 있지 않을까라는 예전 생각을 뒷받침하려면 기술력이 있어야할 터. 왠지 이를 통해서, 새로운 아이디어를 도출할듯한 느낌...

최철한! 백으로 이창호를 이기고 싶다고 이야기 하더니 기어코 해냈다.

초반 백 포석을 미리 연구하고 특유의 난전으로 [Baduk]을 이끌더니만, 기어코 이창호의 항서를 받아냈다. 이창호(내가 존경하는)를 이기고자 끊임없이 연구하는 신예기사들. 그냥둬선 절대못이긴다, 판을 한치앞도 내다볼수없는 난전으로 이끌어야 이길까말까다. 그렇게보면 최철한이도 참 대단하다. 신예기사들의 말. 이창호사범과 한번 둬보는것 자체만으로도 큰 배움이라고 하던데... 최근 국수전,기성전 이창호랑 10번이나 두면서 이창호를 앞서고 있는 최철한 또한 괴물이네.

최철한 국수땄을때의 기사가 생각난다. 당시 한국외대 일본어과 입학일과 겹쳤었는데, 외대총장이 직접 국수전타이틀 쟁취 축하메세지를 전했다니 영광은 영광이다.

2004-04-12

[Phrap]이 만든 ace파일 [Parsing]

4.15총선이 며칠 안남았다. 지금껏 내가 살아오면서, 느낀것들, 우리나라에 대한 생각들, 아 이건 안돼. 이건 문제야 느꼈던 모든것들이 나의 가치관을 만들고 나의 정치적 견해를 만든다. 그리고, 그것은 남에게 영향을 줄 수도 있고, 선거에도 반영된다.

나는 KimKoo선생님이 그리셨던 아름다운나라를 꿈꾼다. 모든 사람들이 감동을 만들어내는 아름다운나라.

그리고 난 PaulErdos의 삶처럼 Static해지는 것을 경계한다. 지나친 수구(守舊), 수성(守城)은 썩는다는 생각. HybridTheCreativeOntology, [Heterosis], 히등크의 멀티플레이어처럼 자주 섞이는 것이 좀 더 바람직하다는 지론이다. 주변에도 계속 보이는 알맹이보단 수성,롱런에만 전념인 사람들을 보며, 나는 저렇게 하지 않을 것을 다짐하곤 했다.

이런 생각을 반영하는 정치적견해는 무엇일까. 아직은 좀더 생각해봐야하겠지만, 조금은 더 변화된, 조금은 더 다양한 가치들이 공존하는 세상을 그리며, 민주노동당이 어떨까 생각해본다. 한가지 맘속에 걸리는점은 실력으로 승부하기보다는 마치 징징대는 듯한 데모의 모습이 떠오르는것. 좀더 고민해볼 필요가 있다.

민주노동당 홈페이지가 http://kdlp.org [KLDP]하고는 무슨관계가?

HikaruNoGo 스페셜에디션 에니메이션보다. 오랜만에 만나는 반가운이들.

2004-04-13

BioPython에 MegaBlast [Parsing]모듈이 없더라.

엊그제 왕모대에서 나에게 점봐준 아저씨얘기. {{| 자네는 개띠해(2년뒤)에 돈을 많이 벌어. 그렇니까 더이상 회사다니면서 남 돈벌어주지말고, 자기사업을 해. 그걸로 돈모아서 부모님 잘해드려야지. 그리고, 자네는 초년운이라 자네의 운은 40까지네, 따라서 약 7년사이에 승부를 걸어서 돈 많이 모으고, 자네보다 늦은 범띠여자만나면, 그 여자의 말년운으로 편하게 살껄세.

나중가면 내말의 의미들을 다 이해하게 될꺼야. |}}

원래가 점이라는것이 재미삼아 하는것이지만, 어느정도는 삶의 방향점역할은 할 수 있지 않을까. 개인사업을 해야한다는 얘기가 나와 좀 동떨어져 보이긴했지만, 또 그렇게 못할껀 없지 않을까하는 생각에 이것저것 생각도 많이 하는중.

그러는중, BioPython메일링리스트에 실린, 한 아웃소싱회사가 기억났다. 어쩌면 이것인지도 모른다는...

점심시간, 연구원들과 벚꽃들앞에서 사진찍다. 울연구소 정경들

[Chloroplast]관련질문하나.

2004-04-20

WikiStat을 오랜만에 돌려봤는데, [Recursion]에러... 문제가뭐야? 전반적으로 소스를 수정해야할 필요성이 있다. 그러자니 동작을 이해해야하는데, 쉽지않으니 문제로군.

Naver 지식iN에 종종 들러서 사람들 얘기들 보게된다. 며칠전([2004-04-13]) 나의 [Chloroplast]질문에 답했던 sirimaster씨. 그의 답변중에 매우 적절한 답변이 하나 있다. 인간의 [Evolution]에 관한 질문과 답변.

어제 EBS교육방송에도 나왔던 얘기인데, 인간은 백악기시대의 공룡이후, 가장 비이상적으로 번창한 종의 하나다. 최근들어 종의 개체수가 100배이상 증가한 유일한 종이라는 얘기... 워낙에 개체수가 많으면, 눈에띠는 [Evolution]적인 변화는 기대하기 힘들다.

PrimerDesign공부중. 생각보다 쉽지않더군. 관련수식들이 어떤 수학적모델을 가지고 만들어졌는지 궁금하다. 유사한 여러종의 서열들로부터, variable한 영역들을 [PCR]로 찾아내기 위한 PrimerDesign에 관한 자료가 없다. 현재로서는 [ClustalW]로 MultipleAlignment한 후에, 눈으로 특별한 영역을 찾아낸 후, 그 부분을 [Primer] target으로 정하는 방법이외에는 없는듯. [MEGA]도 써봤는데, 왠지 MultipleAlignment가 부정확한것 같다.

2004-04-21

CategoryProgramBio 카테고리를 새로 만들었다. 이곳에 있던 163개의 프로그램중 새로 저 분류로 들어가게 된 페이지가 54개이다. 물론 라이브러리와 겹치는 것도 있는데, 이를 위해서는 새로운 방식의 [Category]검색방식이 필요하다.

• Category + Program + Library
• Category + Program + Bio
• Category + Program + Bio + Library

즉, word기준으로 해당 단어가 있느냐로 검색을 해야한다. 단순한 string exace match는 순서에 의존하게 되므로, 이를 보완한 단어기준의 검색방식을 구현해야한다. ToDo!

일상생활의 느낌이란 주제로 글 쓰고 있는 YongsThinking 게시판... 거의 오는이들도 없고~, 썰렁하고 해서... 네이버[Blog]로 일단 이전!

http://blog.naver.com/yong27

아무래도 중복이란 느낌, [DRY]를 어긴것같은 느낌은 정말 지울 수 없지만... BioinfoSarangNet의 또하나의 인터페이스라는 생각, 그로인한 다른사람들과의 더 잦은 공유를 목적으로 함.

CongnamulDotCom 꽤 괜찮은 인터넷 지도브라우저. 그러나 역시 최신정보는 서울시내뿐. 수원지역은 보니 한참 늦은 정보들이네. 그래도 이런 WebApplication은 꽤 잘만들어진것 같다.

2004-04-26

가끔씩 이곳 NoSmokeMoinMoinBsn에서 caching관련 에러가 뜬다. 문제는 caching.py 47 line에서 DBRunRecoveryError (-30981) 캐쉬디렉토리의 pagelinks.dbm파일을 삭제하면, 다시 가동되길래 그대로 쓰고 있었는데, 요즘 너무도 자주 이런현상이 생긴다. 고쳐봐야할듯.

   1 Traceback (most recent call last):
   2   File "/home/MoinMoin/cgimain.py", line 134, in run
   3     Page(query).send_page(form)
   4   File "/home/MoinMoin/Page.py", line 123, in send_page
   5     sys.stdout.write(self.getSendPage(form,msg=msg,**keywords))
   6   File "/home/MoinMoin/Page.py", line 500, in getSendPage
   7     cache.update(links) #FIXED from string.join(links, '\n'), using shelve
   8   File "/home/MoinMoin/caching.py", line 47, in update
   9     self._cacheDb[self.key]=(int(time.time()),content)
  10   File "/usr/local/lib/python2.3/shelve.py", line 130, in __setitem__
  11     self.dict[key] = f.getvalue()
  12   File "/usr/local/lib/python2.3/bsddb/__init__.py", line 120, in __setitem__
  13     self.db[key] = value
  14 DBRunRecoveryError: (-30981, 'DB_RUNRECOVERY: Fatal error, run database recovery \
  15 -- PANIC: Invalid argument')

PythonKoreaUserGroup에 질문올리다. 근데 썰렁하니 답변이 없네...

[BSD] DB연동 모듈은 해당 오류를 [Cee]라이브러리쪽으로 돌리는 듯 싶다. http://pybsddb.sourceforge.net/ 에서 원인을 찾아봐야할것 같은데, 너무 모르는게 많다.

[Perky]씨 홈에 가보니, WebRobot관련 포스트가 떴다. 역시나 이런류의 크롤러들은 어디가든 문제... 조만간 내 홈도 쑥대밭을 만들지도 모르겠다. 그런데, robot.txt만으로 정말 해결되는걸까.

2004-04-27

PolyPhred의 [AIX]에서의 문제...

아흐,,, 머리가 아프다. 이 공간은 뭐고... 네이버블로그는 뭔가. 무슨내용을 어따 써야하는겨... 여기? 거기? 여긴 별로 보는사람들 없으니, 거의 독백수준이고, 거긴... 그나마 몇몇이 보니, 방백이란말인가.

• 방백. 오랜만에 들어보네요.. 크..밑의 그림의 마음으로 일하고 있다는.. --[indigoH]

  • 그나마, 그런 마음이라도 갖고 있으니, 다행이네. 최후의 그 순간까지 포기하지 않는 꿋꿋함...

어쨌건, 서핑중 건진 괜찮은 그림하나 from http://blog.naver.com/redazrael/100001564370

Never ever give up!!

[Heterosis]를 사회적측면에서 써본 포스트가 누군가에게 스크랩되었다. 누군지는 몰라도,,, 나와 공감을 같이 했기때문이겠지. 잠시 흐뭇한 기분을 느끼며, 사람들이 이 기분에 블로깅을 하는지도 모르겠다는 생각을 했다.

네이버블로그들을 랜덤으로 돌아다니다보면, 정말 인간관계[Linked]네트워크는 ParetoRule에 의존함을 알 수 있다. 무작위네트워크를 기대했다면 전혀 아니다. 전형적인 ScaleFreeNetwork... 인기있는 블로그는 엄청난 방문자들과 덧글로 넘쳐나지만, 보통 블로그들은, 간신히 썰렁함을 극복할뿐, 아니, 오히려, 나의 랜덤접근으로 추론해볼때, 대다수가 주인혼자서 지키고 있다. 그래서, 랜덤하게는 인기있는 블로그에 접근할 수 없다. 워낙에 드물기때문에... 이런 PowerLaw형식의 불평등이 이곳에도 역시 존재한다는게 마냥 신기하기만 할 뿐이다.

괜찮은(?) 블로그들에 도달하는 방법은, 유명한곳을 시작으로, TrackBack, 덧글등으로 따라가는 방법이 유일해보인다.

2004-04-29

PythonKoreaUserGroup 작은모임에 참석했다. 왜이렇게 꼭, 이런 모임만 가면, 교통문제등으로 지각을 하게되는지 모르겠다. 30분지각...

[Perky]씨의 PythonNewFunction인 [Iterator]/[Generator]에 대한 설명들이 있었다. interacive shell을 띄워놓고, 그때그때 코드들 붙여가면서 실행하는 프리젠테이션은 내가 참 많이도 바라고, 기대했던 세미나... (어디가서 이런 형식의 프로그래밍 세미나 경험하기 힘들다) 그걸통해서, 발표자의 코딩습관들도 눈여겨볼수 있고, 몰랐던테크닉들도 배울 수 있었다. 일단 눈에띄는 배운점 한가지는 iterator객체를 쉘상에 찍으면, 클래스repr이 아직 정의되지 않아서, 내용들이 보이지 않던 문제를 보려면, list()로 싸면 되더라는것. 간단했던 사실하나를 배운셈이다. 나중에 [Perky]씨에게서 얘기를 들었는데, 그 문제 역시 코어 개발자들사이에서 논의중이라고 한다.

iterator/generator의 사용은 [Python]의 프로그래밍스타일을 약간 바뀌게 하는것 같다. 아직은 손에 익지않아서, 좀 생소하긴하지만, 그래도, 프로그래밍이 편하고, 생각가는데로 코드를 만들기 용이해졌다는 점이 있는것 같다. 대신, readability는 좀 떨어지는것 같다. 물론, 이부분도, 많이 익숙해지면 나아지겠지만, 초보자들이 접근하기는 힘들것같은 생각이 든다.

NoSmoke:지원 씨의 GeneratorExpression도 꽤 흥미있는 기능이다. list compression과 유사하지만, 한번에 다 계산하지 않고 그때그때 계산된다는점이 특징. 빨리 이 기능도 포함된 2.4버젼을 보고싶다.

앞으로 파이썬 작은모임을 통해, 약 한달에 2번정도의 모임으로, 특정 주제에 대한 스터디가 진행될 예정이다. 일단 이날, 논의된 주제들은

• Python on [Win32]
• 과학/공학용 모듈

• [Medusa] and AsynchronousProgramming

• DesignPatterns using python

• [XML] using python

또하나의 SmallStudyGroupAndSeminar 그룹의 탄생이다. 어떤 그룹은 성공하지만, 그렇지 않을 수도 있다. 이 파이썬작은모임이라는 그룹은 어떻해야 성공의 길로 나아갈 수 있을지 고민해보자.

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